rnapulldown实验服务|rna二抗检测试剂盒 -8846威尼斯

服务介绍

蛋白质与rna的相互作用是许多细胞功能的核心，如蛋白质合成、mrna组装、病毒复制、细胞发育调控等。使用体外转录法标记生物素rna探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成rna-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过wb实验检测特定的rna结合蛋白是否与rna相互作用。若待检测目的蛋白明确，选择wb鉴定；若不明确，则可选择质谱鉴定。

服务优势

高特异性：富集与特定rna序列相互作用的蛋白质，具有高度的特异性
高灵敏度：能够检测低丰度的rna结合蛋白质，提供高灵敏度的检测能力
广泛适用性：可用于研究各种rna结合蛋白质，包括转录因子、rna结合蛋白和翻译调控因子等
可定量分析：通过引入外源标记或荧光标记的rna探针，可以定量测量rna与蛋白质的结合强度
联合应用：可与其他技术相结合，如质谱分析、蛋白质组学方法和转录组学方法等，进一步深入研究rna-蛋白质相互作用的功能和调控网络

服务流程

接受订单及样品

rna探针标记

与胞浆蛋白提取液孵育，形成rna-蛋白质复合物

与磁珠结合，洗脱

wb检测或者质谱鉴定

结果交付

客户提供

rna序列或者rna序列构建的质粒（种属）

相同种属的细胞样品

最终交付

基因合成测序报告；
构建含目的基因的质粒、菌液，测序报告；
体外转录模版的sense&antisense引物、模版电泳图；
rna pull down蛋白sds-page银染；
质谱鉴定报告。

服务说明

服务名称	服务内容	交付内容及标准	服务周期(工作日)
rna pull-down （体外转录法）	基因合成	测序报告	具体评估
	体外转录sense和antisense模板扩增	体外转录2次	20
	sense和antisense体外转录并标记为探针	探针标记2次(sense、antisense各1次)
	rna pull-down富集	2次
	sds-page银染	跑胶3个泳道	4
	质谱鉴定互作蛋白	质谱鉴定sense、antisense	10-15
rna pull-down （探针法拉蛋白）	qpcr检测本底表达探针设计及合成 (包含对照)	样本和内参各1次 circrna探针-biotin/lncrna探针-biotin/普通对照探针	24


	rna探针富集效果检测	实验探针和对照探针各1次
	rna pull-down富集	实验探针和对照探针各1次
	sds-page银染	跑胶3个泳道	4
	质谱鉴定互作蛋白	质谱鉴定对照组和实验组各1次	10-15
rna pull-down (探针法拉mirna)	qpcr检测本	样本和内参各1次	28
	底表达	样本和内参各1次
	探针设计及合成	circrna探针-biotin/lncrna探针-biotin/对照探针
	rna探针富集效果检测	实验探针和对照探针各1次
	rna pull-down富集互作的蛋白/mirna	实验探针和对照探针各1次
	rna和mirna/lncrna 逆转录及检测	qpcr检测(input、探针组、对照组)

案例展示

常见问题与解析 (q&a)

q：rna pull down的实验原理是什么？为什么要做rna pull down？

rna pull down使用体外转录法标记生物素rna探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成rna-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过western blot实验检测特定的rna结合蛋白是否与rna相互作用。蛋白质与rna的相互作用是许多细胞功能的核心，如蛋白质合成、mrna组装、病毒复制、细胞发育调控等。若待检测目的蛋白明确，选择western blot鉴定；若不明确，则可选择质谱鉴定。

q：rna pull down实验前富集lncrna都有哪些方法？

lncrna的富集大致上有三种方法: (1)探针法：针对该lncrna的序列，设计生物素标记的探针。此种方法最关键的是探针的特异性，所以最好用northern blot检测探针的特异性。可以结合内源的lncrna是探针法的最大优势。缺点就是比较贵，需要的样品量大。 (2)生物素标记法：在lncrna的5‘端加上t7启动子，利用体外转录试剂盒，可以制备大量的lncrna。再通过生物素标记试剂盒，就能得到大量的生物素标记的lncrna。常用的折叠的方法退火，从95℃退火到4℃，大约30秒一度就可以了。 (3)trsa法：除了生物素，链霉亲和素还可以识别trsa结构，因此在lncrna的一端加上trsa序列也是不错的选择。

q：rna pull-down是否可以做circrna？

可以，前提是circrna在细胞中表达丰度要高。

q：rna pull down的实验有对照吗？

有，探针法和生物素标记法的对照都是相应的反义序列：探针的反义序列以及长非编码rna的反义序列。trsa法的对照是trsa序列本身。

相关资源

1、rna pull-down的实验步骤

● 设计和合成rna探针：根据目标rna序列的特定区域设计和合成rna探针，通常使用化学修饰或放射性标记来标记rna探针。

● 准备rna结合反应体系：将rna探针与细胞提取物、组织提取物或体外合成的蛋白质混合，形成rna-蛋白质复合物的反应体系。可以添加适当的缓冲液和辅助物质来维持反应条件和增加特异性。

● 进行rna pulldown：将rna探针与固相材料（如琼脂糖珠子或磁珠）结合，通过亲和吸附的方式富集目标rna-蛋白质复合物。可以使用离心管、微量管或固相提取柱等不同形式的富集材料。

● 洗涤和纯化：对富集的rna-蛋白质复合物进行洗涤，以去除非特异性结合的蛋白质和其他杂质。可以使用适当的洗涤缓冲液来实现选择性的洗涤步骤。

● 蛋白质鉴定和分析：对富集的rna-蛋白质复合物进行蛋白质鉴定和分析，常用的方法包括质谱分析（如质谱鉴定或定量蛋白质组学），western blotting等。这些分析方法可以帮助鉴定和定量与目标rna相互作用的蛋白质。

2、rna pull-down应用场景

● 鉴定rna结合蛋白质：用于筛选和鉴定与特定rna序列结合的蛋白质，揭示rna的结合伴侣和调控网络。

● 研究rna结合蛋白质的功能：通过rna pull-down实验，可以评估rna结合蛋白质的功能，包括转录调控、rna稳定性和翻译调控等。

● 研究rna修饰修饰酶：可以用于鉴定与特定rna修饰酶相互作用的蛋白质，了解rna修饰的机制和调控。

● 探索rna与疾病相关蛋白质的相互作用：通过rna pull-down实验，可以揭示rna与疾病相关蛋白质的相互作用，并深入了解其在疾病发生和进展中的作用。

3、研究rna-蛋白质相互作用的几种常用技术简介、优势和适用范围

技术	简介	优势	适用范围
rna pull-down	rna pull-down技术用于研究rna与与其相互作用的蛋白质之间的相互作用。该技术利用rna的特异性结合能力，通过将rna靶点固定在固相支持上，然后与细胞提取物或纯化的蛋白质混合，通过共沉淀实验检测rna-蛋白质的相互作用。	- 可以直接检测rna与蛋白质之间的相互作用。	- 研究rna与蛋白质之间的相互作用。
		- 可以筛选和鉴定与特定rna相互作用的蛋白质。	- 揭示rna在基因调控和细胞功能中的作用。
		- 可以揭示rna在基因调控和细胞功能中的作用。	- 研究rna参与的信号通路和疾病机制。
		- 可以与其他技术相结合，如质谱分析和转录组学方法，进一步研究rna-蛋白质相互作用的功能和调控网络。
clip-seq	clip-seq技术（cross-linking and immunoprecipitation followedby high-throughput sequencing）用于鉴定rna与与其相互作用的蛋白质之间的结合位点。该技术结合了rna与蛋白质的共价交联和免疫共沉淀，通过高通量测序分析交联后的rna和结合蛋白质，鉴定它们的相互作用位点。	- 可以鉴定rna与特定蛋白质之间的结合位点。	- 鉴定rna与蛋白质之间的结合位点和相互作用模式。
		- 可以全基因组范围内分析rna-蛋白质相互作用的模式和特征。	- 揭示rna参与的调控网络和疾病机制。
		- 可以揭示rna参与的调控网络和疾病机制。	- 研究rna参与的信号传导和细胞功能。
		- 可以提供高分辨率的rna-蛋白质相互作用图谱。
rnai	rna干扰（rna interference，rnai）是一种通过引入特定的小分子rna（sirna或shrna）来抑制特定基因表达的技术。该技术可以靶向特定的rna序列，并降低或抑制目标基因的表达。	- 可以高度特异性地抑制目标基因的表达。	- 研究基因功能和基因调控。
		- 可以进行基因功能研究、基因沉默和表达调控的实验。	- 高通量筛选和功能验证。
		- 可以在细胞和整个生物体中进行基因敲除或敲下实验。	- 研究信号传导和疾病机制。
		- 可以研究基因调控、信号通路和疾病发生机制。
rip	rip（rna immunoprecipitation）技术用于研究rna与与其相互作用的蛋白质之间的相互作用。该技术通过使用抗体特异性地免疫共沉淀rna与其结合的蛋白质，从而鉴定和分析rna-蛋白质复合物。	- 可以鉴定rna与特定蛋白质之间的相互作用。	- 研究rna与蛋白质之间的相互作用。
		- 可以研究rna参与的转录调控、翻译调控和rna稳定性等过程。	- 揭示rna参与的转录调控和翻译调控过程。
		- 可以揭示rna-蛋白质相互作用在细胞功能和疾病发生中的作用。	- 研究rna-蛋白质相互作用在细胞功能和疾病发生中的作用。
		- 可以与高通量测序等技术相结合，获得全基因组范围内的rna-蛋白质相互作用图谱。