首先，新鲜的菌液易于培养，可以获得更多的dna，同时最大限度地保证菌种的纯度。如果您提供新鲜菌液，用封口膜封口以免泄露；也可以将培养好的4~5ml菌液沉淀下来，倒去上清液以方便邮寄。同时邮寄时最好用盒子以免邮寄过程中压破。
一般，菌体的形态有：平板培养菌、穿刺培养菌，甘油保存菌或新鲜菌液等。我们提倡寄送穿刺培养菌或新鲜菌液。 平板培养菌运送特别不方便，我们收到的一些平板培养菌的培养皿在运送过程中常常已经破碎，面目全非，需要用户重新寄样。这样既误时间，又浪费客户的样品。一旦是客户非常重要的样品时，其后果更不可设想。而甘油保存菌则容易污染。 制作穿刺菌时，可在1.5 ml的tube管中加入琼脂培养基，把菌体用牙签穿刺于琼脂培养基（固体）中,37℃培养一个晚上后便可使用。穿刺培养菌在4℃下可保存数个月，并且不容易污染，便于运送。
(1) 扩增产物必须特异性扩增，条带单一。如果扩增产物中存在非特异性扩增产物，一般难以得到好的测序结果。 (2) 必须进行胶回收纯化。 (3) dna纯化在1.6~2.0之间，浓度50ng/µl以上。
如果不进行胶纯化而直接用试剂盒回收，经常会导致测序出现双峰甚至乱峰。这主要是非特异性扩增产物或者原来的pcr产物去除不干净导致。大多数所谓的pcr"纯化试剂盒"实际上只是回收产物而不能起到纯化的作用。对于非特异扩增产物产物肯定是无法去除，而且通常它们不能够完全去除所有的pcr引物，这会造成残留的引物在测序反应过程中参与反应而导致乱峰。
pcr产物首先必须用agarose胶电泳，将目的条带切割下，然后纯化。使用凝胶回收试剂盒回收。产物用ddh2o溶解。
对于测序用质粒dna的一般要求： (1) dna纯度高，1.6~2.0之间，不能有混合模板，也不能含有rna，染色体dna，蛋白质等。 (2) 溶于ddh2o中，溶液不能含杂质，如盐类或edta等螯合剂，否则将干扰测序反应的正常进行。
我们使用水平琼脂糖凝胶电泳，并在胶中加入0.5ug/ml的eb，加入一个已知浓度的标准样品。电泳结束后在紫外灯下比较亮度，判断浓度和纯度。此方法可以更直接、准确地判断样品中是否含有染色体dna、rna等，也可以鉴别抽提的质粒dna的不同构型。 质粒dna的3种构型是指在抽提质粒dna过程中，由于各种原因的影响，使得超螺旋的共价闭合环状的质粒（sc）的一条链断裂，变成开环状（oc）分子，如果两条链发生断裂，就变成线状（l）。这3种分子有不同的迁移率，通常，超螺旋（sc）迁移速度最快，其次是线状（l）分子，最慢为开环状（oc）分子。使用紫外分光光度计检测，或者用eb-标准浓度dna比较法只能检测抽提到的产物中的浓度，甚至由于抽提的质粒dna中含有rna、蛋白质、染色体dna等因素的干扰，浓度检测的数值也是没有多少意义的。
对测序引物的一般要求： (1) 特异性与测序模板结合，不能有多于4个碱基以上的错配现象 (2) 不能含有混合碱基 (3) 长度17~25碱基 (4) 纯度高，最好page纯化 (5) 用ddh2o溶解，不要用te缓冲液溶解。
测序引物与待测样品dna分子只能有一个结合位点是测序成功的关键。如果测序引物在dna模板分子上有不只一个的结合位点，将造成测序反应过程中引物链在几个结合位点处同时扩增，反映在测序峰图上将出现双峰或乱峰，无法读取序列。
pcr产物测序出现套峰现象，一般有以下几种原因： (1) pcr用模板不纯或pcr用引物特异性不好，扩增出的产物除了目的片段外，还有与目的片段长度相近的片段，即使用凝胶电泳也无法分离开，这样的pcr产物测序结果是套峰。 (2) 结构上的原因，造成了pcr产物测序出现套峰的现象。polya/g/c/t以及原因不明的复杂结构的存在，都会出现测序结果套峰的情况。
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