prm目标蛋白质组学|prm靶向蛋白检测 -8846威尼斯
- 靶向蛋白质组
- prm
- 平行反应监测
- 质谱领域的wb
服务特色
prm（parallel reaction monitoring）是一种基于质谱的靶向蛋白质组学技术，用于高通量、高准确性的定量分析目标蛋白质或肽段。通过选择预先定义的特定肽段进行定量监测，prm提供了精确可靠的蛋白质定量结果，适用于生物学和医学研究中生物标志物发现、疾病诊断等应用。
服务介绍
靶向蛋白质组prm（ 平行反应监测, parallel reaction monitoring），是一种基于高分辨、高精度质谱的靶向定量技术，能够对目标蛋白质/肽段（以及含有修饰的肽段）进行选择性检测，从而实现对目标蛋白质/肽段的精准定量。
服务优势
- 高度准确的定量： prm技术使用预先定义的特定肽段或蛋白质进行定量，避免了数据依赖采集（dda）中的背景干扰和特异性问题，提供更高的定量准确性。
- 高通量： prm技术可以同时监测多个特定的肽段或蛋白质，因此在同一实验中可以实现高通量的定量分析。
- 灵敏度： prm技术使用高分辨率的质谱仪，可以在复杂样品中准确检测低丰度的肽段或蛋白质。
- 可重复性： prm技术具有良好的重复性，可以在不同实验之间进行可靠的比较和验证。
- 无需同位素标记： prm技术属于无标记的定量方法，避免了同位素标记带来的复杂性和成本。
- 高特异性： prm技术通过选择特定的肽段或蛋白质进行监测，具有较高的特异性，可以准确地定量目标蛋白质。
- 多样性样本适用性： prm技术适用于多种样本类型，包括细胞培养物、组织样本和体液等，广泛应用于生物学和医学研究。
服务流程
客户提供
需要定量验证的生物样品；
检测的目标蛋白及dda模式下的定量信息（定量结果的肽段、蛋白信息表）；
样品信息单：需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息。
最终交付
- 分析报告一份：包含实验流程，仪器型号、参数，试剂耗材，定量结果统计；
- 定量结果文件：一般为excel表格；
- 质谱原始文件：建库优化后的谱图库和prm采集的wiff格式下机原始数据。
服务说明
| 产品类型 | 项目周期 | 技术指标 | 样本数量 |
| prm靶向蛋白质组 | 30个自然日 | thermo q exactive hf（x）系统，prm定量蛋白质组 | <20 |
| 20≤x≤50 | |||
| >50 |
相关资源
1、prm的实验步骤，检索软件及常用数据库
（1） prm实验步骤：
● 样品准备： 收集样品并进行蛋白质提取，可以是细胞培养物、组织样本或体液等。
● 消化和标记： 将蛋白质进行酶解消化，生成肽段，并根据需要进行同位素标记（如itraq/tmt）或不标记。
● 液相色谱： 使用液相色谱（lc）分离肽段，以便在质谱中逐一进行分析。
● prm质谱分析： 将分离的肽段通过质谱仪进行分析，选择预先定义的特定肽段进行监测。
● 数据采集： prm质谱分析生成大量数据，包括肽段的质谱图和峰强度等信息。
● 数据处理和分析： 使用特定的prm数据分析软件对采集的数据进行解析和定量，得到目标蛋白质的丰度信息。
● 结果解释： 根据分析结果进行生物学解释和统计分析，揭示蛋白质的定量变化和功能。
（2）prm检索软件：
● skyline：skyline是一种用于定量质谱数据分析的开源软件，可用于prm等技术的数据处理和解析。网址：skyline.ms/
（3）prm常用数据库：
● uniprot：uniprot是一个全面、高质量的蛋白质序列和注释数据库，为蛋白质鉴定和功能注释提供宝贵资源。网址：www.uniprot.org/
● ncbi protein：ncbi protein是美国国家生物技术信息中心（ncbi）提供的蛋白质序列数据库，包含丰富的蛋白质信息和注释。网址：www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/
● peptideatlas：peptideatlas是一个蛋白质组学数据库，提供由质谱数据支持的已验证肽段和蛋白质信息。网址：www.peptideatlas.org/
● pride数据库：pride数据库是欧洲生物信息学研究所（ebi）提供的蛋白质组学数据库，包含大量原始质谱数据和蛋白质注释。网址：www.ebi.ac.uk/pride/archive/
2、prm (parallel reaction monitoring) 与wb (western blotting)的区别不同
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属性 |
prm |
wb |
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定量 |
支持同时定量多个蛋白质或肽段 |
不支持高通量定量 |
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灵敏度 |
高灵敏度 |
灵敏度相对较低 |
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蛋白质修饰分析 |
可用于研究蛋白质修饰 |
主要用于研究蛋白质的总体表达水平和单一蛋白质表达变化 |
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抗体使用 |
不依赖抗体 |
依赖特异性抗体的选择和验证 |
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重复性 |
具有较好的重复性 |
重复性受抗体质量和实验条件影响 |
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prm作为质谱领域的"wb"，具有高通量、高灵敏度、高定量准确性等优势，可以突破传统wb的限制，广泛应用于蛋白质修饰分析、生物标志物研究等领域。但是prm技术也存在一些局限性。例如，prm的数据处理相对复杂，需要专门的软件进行分析和解释，对于初学者来说可能较为繁琐。
3、prm（parallel reaction monitoring）技术在蛋白质组学研究中有广泛的应用
● 生物标志物研究： prm可用于鉴定和验证生物标志物，即特定蛋白质或肽段，作为疾病的诊断、预测或治疗反应的潜在指标。
● 药物研发： prm可以用于定量检测蛋白质的药物靶点或候选蛋白质，帮助药物研发过程中的药物筛选和评估。
● 细胞信号通路： prm技术有助于定量分析细胞信号通路中的蛋白质，从而揭示细胞调控机制和病理生理过程。
● 组织分析： prm可用于定量研究组织样本中的蛋白质表达和变化，了解不同组织中蛋白质的分布和功能。
● 蛋白质修饰研究： prm技术对于研究蛋白质的翻译后修饰（如磷酸化、乙酰化等）在生理和病理过程中的调节具有重要意义。
● 生物学研究： prm可用于分析生物样本在不同条件下蛋白质的表达和定量变化，深入了解生物学过程。
