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三维基因组（hi-c）技术解析
文章来源：genecreate
作者：genecreate
发布时间：2018-03-09 09:10
hi-c (high-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质dna在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。hi-c可以与rna-seq、chip-seq等数据进行联合分析，从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。
图1. 染色体三维结构图
一、技术优势
1、无需专门构建群体，单个样本实现辅助基因组组装；
2、精确率高，人类基因组锚定染色体精确率为98%，排序和定；
3、周期短，性价比高。
二、技术流程
1、用甲醛对细胞进行固定，使dna与蛋白，蛋白与蛋白之间进行交联；
2、进行酶切（如hind iii等限制性内切酶），使交联两侧产生粘性末端；
3、末端修复，引入生物素标记，连接；
4、解交联，使dna和蛋白、蛋白和蛋白分开，提取dna，打断，捕获带有生物素标记片段，进行建库；
5、测序。
图2. hi-c实验流程
三、生物信息学分析流程
四、辅助基因组组装流程图
五、应用领域
1．染色体跨度的单倍型图谱构建
为疾病风险预测提供思路
为肿瘤形成机制提供依据
为农业动植物经济性状连锁标记及基因组进化奠定基础
2．探索基因组的3d结构
有助于了解基因组折叠对基因表达的影响
有助于了解基因组三维结构对细胞发育，分化及细胞命运的决定
3．开发调控基因的dna元件
揭示基因组远程调控元件介导的分子网络
通过分析调控元件空间互作热点，开发潜在的药物作用靶点
4．hi-c辅助基因组组装
辅助动植物基因组组装
宏基因组组装及菌群精确分类
六 、送样要求
1、细胞交联
2.5×106细胞量满足一个标准hi-c文库，建议培养5×107至1×108，保证实验可重复性
2、组织dna
提供组织dna量为15-20ug
3、运输方式
足量干冰运输