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lncrna研究策略之rna pull-down实验问答
文章来源：genecreate
作者：genecreate
发布时间：2017-04-12 16:19
长链非编码rna(longnoncodingrna，lncrna)是一类不编码蛋白的rna分子，长度在200bp以上；研究表明，lncrna具有保守的二级结构，可以与蛋白、dna和rna相互作用，参与多种生物学过程的调控。随着高通量测序技术的发展，越来越多的lncrna被注释，但是绝大多数的lncrna的功能仍然不清楚，因此lncrna的研究是一片非常广阔的未知领域，具有极大的科研价值和意义。其中rna pull-down技术为lncrna生物学功能的验证起到了至关重要的作用。
rna pull-down结合了体外转录与生物素标记、质谱技术，是研究与蛋白质相互作用的一大利器。由于实验程序较多、rna的易降解性，加上一些不可预知的变量，因此实验存在一些难度，常常导致实验的失败。对于试验中常常出现的棘手的问题，金开瑞经过实践，总结了一套行之有效的应对方策，现在就和我们一起来看看吧！
rna pull-down结合了体外转录与生物素标记、质谱技术，是研究与蛋白质相互作用的一大利器。由于实验程序较多、rna的易降解性，加上一些不可预知的变量，因此实验存在一些难度，常常导致实验的失败。对于试验中常常出现的棘手的问题，金开瑞经过实践，总结了一套行之有效的应对方策，现在就和我们一起来看看吧！
1、rna pull-down拉下蛋白page电泳银染条带颜色浅且模糊？
①选取的组织或细胞样品其中互作蛋白表达量很低；
②体外转录得到的rna降解或者不是全长；
③pull-down实验孵育时间不长。
④其他
2、page电泳银染背景深？
①样品杂蛋白太多；
②银染显色时间过长。
③其他
3、rna pull-down拉下蛋白银染后看不到互作蛋白：
①选取的rna序列不对；
②样品中没有表达互作的蛋白质。
③互作蛋白浓度低，银染图肉眼观察不到差异条带。
④其他
更多建议：
①lncrna序列前期验证要完善；
②选择相应蛋白质表达量较高的组织或细胞样品；
③体外转录选择转录质量高的试剂盒，操作过程避免rnase的污染；
④保证rna pull-down实验中探针标记以及探针与蛋白的结合充分进行（依据体外转录rna的量，样品裂解液蛋白浓度）；
⑤尽可能多将洗脱的蛋白电泳（同时可以避免显色时间过长）
好啦，这次就和大家分享这么多啦，如果您在rna pull-down实验中遇到困惑，可以随时与我们取得联系哦，我们将及时帮您解决！
最后，祝大家实验顺利！生活愉快！
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