技术专题
金日晚报一周汇总【2020.9.27-2020.9.30】
文章来源：genecreate
作者：genecreate
发布时间：2020-10-19 09:29
01--2020.9.27
1、plant physiology | 西北农林科技大学单卫星课题组揭示植物免疫调控新机制！
plant physiology在线发表了西北农林科技大学农学院单卫星课题组题为 “cytidine-to-uridine rna editing factor nbmorf8 negatively regulates plant immunity to phytophthora pathogens” 的研究论文。论文发现线粒体和叶绿体c到u的rna编辑因子morf (multiple organellar rnaediting factor)家族的多个成员参与调控植物对疫霉菌的免疫反应，并进一步解析了其中一个线粒体和叶绿体双重定位的morf成员nbmorf8参与调控植物免疫的分子机制。
本文发现参与植物rna编辑的本氏烟nbmorf家族具有调控植物免疫的功能，探索了rna编辑现象在植物免疫功能方面发挥的作用，并进一步解析了nbmorf8免疫负调控因子的作用机制。探索新的参与调控植物免疫的基因，对作物抗病育种具有着重要的意义。
资讯原文链接：https://sci-hub.se/10.1104/pp.20.00458
2、首次通过meta分析阐述血液中细胞特异性的dna甲基化改变
国际期刊nature communications在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所（中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所）andrew teschendorff课题组与汪思佳课题组合作的题为“a cell-type deconvolution meta-analysis of whole blood ewas reveals lineage-specific smoking-associated dna methylation changes”的研究成果。
研究团队首次通过细胞特异性的方式对血液ewas进行meta分析来解决这个问题。该团队收集并分析了来自7个独立ewas队列的dna甲基化数据，其中包括首个对吸烟相关dnam变化进行全面分析的中国队列。分析发现与吸烟有关的dnam变化在很大程度上与种族无关，佐证了将多种族队列合并进行meta分析的合理性。meta分析进一步揭示了血液中大多数吸烟相关的dnam变化是如何在骨髓细胞系内发生的，并主要出现在炎性单核细胞和巨噬细胞的dnase超敏位点。其中一个新发现的与吸烟相关的髓样特异性dnam信号也与急性髓系白血病相关，而吸烟也正是急性髓细胞白血病的中度危险因素。与此同时，在淋巴细胞系内则并未发现多少与吸烟相关的dnam改变。
资讯原文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-020-18618-y
02--2020.9.28
1、战胜超级细菌的关键基因线索——质粒测序
来自威尔康桑格研究所和牛津大学大数据研究所的基因组病原体监测中心的研究人员，一起使用基因组测序技术分析质粒和从欧洲医院病人身上采集的肺炎克雷伯菌样本中的细菌染色体。
9月24日发表在《pnas》上“integrated chromosomal and plasmid sequence analyses reveal diverse modes of carbapenemase gene spread among klebsiella pneumoniae”这项发现揭示了抗生素耐药基因通过质粒在细菌群体中传播的三种不同途径。研究人员说，在追踪抗生素耐药性时，将质粒包括在内是至关重要的，这样才能最大限度地阻止超级细菌。
资讯原文链接：https://sci-hub.se/10.1073/pnas.2003407117
2、上海交大最新论文发表新冠肺炎最新研究成果
自2020年2月底，上海交通大学电院李金金团队开始针对新型冠状病毒抑制剂进行深入的理论研究，近日最新研究成果（potential inhibitors for the novel coronavirus (sars-cov-2)）于2020年9月18日发表在计算机与生物信息学交叉领域权威期刊《briefings in bioinformatics》（if=8.99, jcr 1区top期刊）上。
该文章还详细研究了药物分子和新型冠状病毒蛋白的结合作用机制，通过分子对接手段确定了不同药物分子与病毒蛋白结合的位点信息，以及蛋白质残基对结合能力的贡献程度。研究的8种抑制剂分子都会倾向于与病毒蛋白结合在相近的位点。对于结合能力最强的13b分子，病毒蛋白残基met165和hie163对于药物与病毒结合的贡献最大，其中残基met165贡献主要是范德华相互作用，hie163主要贡献是静电能。
文章所研究的药物分子和3cl水解酶的结合机制以及残基对结合能的贡献分析可以为后续药物研究提供理论基础，并指导新冠病毒抑制剂的设计，研制出针对新冠肺炎治疗效果更好的药物。
资讯原文链接：https://sci-hub.se/10.1093/bib/bbaa209
03--2020.9.29
1、nature | 光驱动的蛋白侧链引入反应
分享一篇在nature上的文章“light-driven post-translational installation of reactive protein side chains”，文章的通讯作者是来自牛津大学化学系的gouverneur教授和davis教授。gouverneur教授课题组的研究方向为用氟化物合成天然产物类似物和化学探针，davis教授课题组致力于合成生物学和化学生物学方面的研究。
作者开发了一种利用自由基反应将指定侧链引入蛋白的方法，该方法在可见光照射下、在水中即可发生，并且经实验证明对于多种侧链都有较好的反应性和位点选择性，该方法可能有助于揭示翻译后修饰酶的功能或者创造有其他功能的蛋白质。
资讯原文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-020-2733-7
2、诺奖得主手中的那株青霉菌被首次测序
1928年，亚历山大•弗莱明（alexander fleming）在伦敦圣玛丽医院的医学院工作时发现了第一种抗生素——青霉素（penicillin）。这种抗生素是由青霉属中的霉菌产生的，能够抑制葡萄球菌的生长。凭借此项发现，弗莱明在1945年被授予诺贝尔生理学或医学奖。
之后，弗莱明所发现的青霉菌菌种被交给牛津大学的研究小组保存。如今，来自伦敦帝国理工学院、牛津大学和国际应用生物科学中心（cabi）的研究人员利用五十多年前冷冻保存的样本，对这个原始青霉菌菌株开展了基因组测序。这项成果于9月24日发表在《scientific reports》杂志上。
研究小组还将弗莱明的青霉菌菌株和美国现在大规模生产抗生素所用的菌株进行比较。他们发现，英国菌株和美国菌株生产青霉素的方式略有不同，这可能对抗生素的工业生产有意义。
资讯原文链接：https://doi.org/10.1038/s41598-020-72584-5
04--2020.9.30
1、j. am. chem. soc. | 双功能car-t 细胞助力固态瘤的治疗
推荐一篇来自jacs的文章“enhanced safety and anti-tumor efficacy of switchable dual chimeric antigen receptor-engineered t cell against solid tumor through a synthetic bifunctional pd-l1-blocking peptide”，文章的通讯作者是来自中国药科大学的薛建鹏老师和徐寒梅老师，两者主要研究的方向都是多肽药物和肿瘤治疗。
本文将pd-1/pd-l1的抑制疗法和car-t细胞免疫疗法相互结合，构建了双嵌合体受体的sdcar-t细胞与frbm组合的体系。这一双重的体系可以很好的在抑制pd-l1活性的同时启动靶向癌症细胞的t细胞免疫，实现特异性高，清除力强的癌细胞清除，是一种非常有前景的治疗方式。
原文连接：https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.0c08538
2、jeb | 浙江大学殷学仁教授课题组取得柿基因组及柿果实脱涩保脆研究新进展
近年来，殷学仁教授团队在柿果实脱涩保脆机制方面开展了持续研究工作，陆续明确了乙烯响应因子是影响脱涩的主要调控因子，并解析了其调控网络。近期，journal of experimental botany发表了题为 “high co2/hypoxia-induced softening of persimmon fruit is modulated by dkerf8/16 and dknac9 complexes ”的研究论文，该研究进一步解析了erf-nac转录因子复合体对柿果实采后脱涩软化的调控作用。本研究中，课题组通过多处理间的转录组比较分析，获得了227个可能参与柿果实采后软化的差异表达基因，其中包括17个转录因子。通过烟草双荧光素酶、emsa等，发现dknac9能够转录激活dkegase1启动子活性。进一步分析表明，dknac9和前面报道过的dkerf8/16对dkegase1启动子存在一个协同增效现象，且dknac9与dkerf8/16之间存在蛋白互作。结合前期研究（wang等，2017，pbj），认为erf和nac转录因子协同参与了柿果实脱涩后软化过程的纤维素和半纤维素降解，后期有望通过这些关键基因实现对柿果实脱涩保脆性状的控制。
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41438-019-0227-2
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